Das Rhön-Gymnasium ist ein sprachliches und ein naturwissenschaftlich-technologisches Gymnasium.
Grundsätzlich ist die Basisstundentafel für alle gymnasialen Zweige gleich, die Zweige unterscheiden sich lediglich durch die Profilstunden in der Mittelstufe.

In der Unterstufe lernen alle Schülerinnen und Schüler zwei Fremdsprachen. Jeder führt Englisch aus der Grundschule fort und nimmt entweder Latein oder Französisch dazu. Alle anderen Fächer sind vollkommen gleich.

In der Mittelstufe ab der 8. Jahrgangsstufe erfolgt die Profilbildung, d. h. der Bildungsgang teilt sich in die verschiedenen Zweige, die sich nur durch die Profilstunden unterscheiden: Während der sprachliche Zweig als dritte Fremdsprache noch Französisch als Erweiterung bekommt, werden diese Unterrichtsstunden im naturwissenschaftlich-technologischen Zweig für das Fach Informatik und experimentelles Arbeiten in Physik und Chemie eingesetzt.

In beiden Zweigen kann man in der Jahrgangsstufe 10 (im G8) oder 11 (im neuen G9) noch Spanisch als spät beginnende Fremdsprache dazunehmen und dafür die erste oder zweite Fremdsprache abwählen. So kann jeder mindestens zwei moderne Fremdsprachen lernen.

In der Oberstufe kann nochmals neu entschieden werden, ob man lieber einen sprachlichen oder einen naturwissenschaftlichen Schwerpunkt wählt.